До появления радио перехватить сообщение можно было только физически — поймать почтового голубя или гонца. С появлением телеграфа злоумышленник мог подключиться к проводам, по которым идет секретная связь, и перехватить телеграмму. Однако подключение к проводу или повреждения на линии также можно обнаружить. Радио же представляет собой целый океан сигналов: волна распространяется во все стороны и, хотя ее распространению могут помешать физические преграды, есть технические способы направить радиосигнал. Как только радиосвязь получила распространение, армии, государства и телеграфные компании столкнулись с большой проблемой: любые переговоры по радио могут быть перехвачены. 

Впервые радиосвязь в военных целях была применена во время англо-бурской войны в Южной Африке 1899 — 1902 года британцами, причем никакого шифрования британская армия не использовала — у бурских республик даже не было элементарных радиоприемников, чтобы перехватить сообщение. Однако к Первой мировой войне радиосвязь было невозможно представить без радиоперехвата и защиты информации при помощи шифрования. Исход войны во многом решался не на поле боя, а в кабинетах криптоаналитиков и на станциях радиоразведки. 

В начале первой половины XX века для защиты передаваемых с помощью радио сообщений широко использовали ручные шифры. Шифровальщик на специальном бланке предоставлял радисту уже зашифрованное сообщение, после чего радист передавал зашифрованный, непонятный для него самого текст на определенной частоте. Принимающая сторона настраивала радиоприемник на ту же частоту, получала это сообщение и с помощью такого же кода или шифра получала исходный текст. Бланки с зашифрованными сообщениями обязательно уничтожались.

На Коптяковской дороге, в Поросенковом Логу, неподалеку от бывшего железнодорожного переезда они обнаружили полусгнившие, ушедшие в землю шпалы, а под ними — человеческие останки. Искатели были уверены: перед ними — все, что осталось от августейшей семьи. Но они помнили и о том, что с государственной машиной СССР шутить не принято. Оставив метки, они решили сохранить информацию в надежности — и в тайне. «Для будущих поколений», — пояснял Авдонин.

Поколений ждать не пришлось: уже в 1991 году заявление об обнаружении возможного места захоронения царской семьи прозвучало открыто. Свердловская прокуратура провела в Поросенковом Логу раскопки. История быстро добралась до высшего уровня: в 1993 году Генеральная прокуратура возбудила уголовное дело, начала работу правительственная комиссия. Розыски возглавил следователь по особо важным делам Владимир Соловьев. Главной задачей работавших с останками было выяснить, кому они принадлежат.

Мертвые тела обыскали, сложили в кузов и повезли в заранее выбранное место — железный рудник Ганина Яма под деревней Коптяки, уже несколько лет как заброшенный. Здесь сняли с них последние ценности, одежду сожгли, лица разбили прикладами и уже на рассвете сбросили в одну из шахт. «Не все люди могут политически оценить и понять, — объяснял впоследствии комендант "Дома особого назначения" Яков Юровский. — В живых они являлись бы постоянным знаменем, и если бы даже были трупами, то это тоже было бы знаменем». Они должны были просто исчезнуть.

Исследователи располагали довольно скудными и старыми уликами: пули и около 700 полуистлевших костей и их фрагментов, к которым при повторных раскопках добавилось еще около 250. Удалось восстановить девять скелетов — что, кстати, совпадало с записками Юровского, который указал, что двоих из погибших захоронили где-то неподалеку, под большим кострищем, отдельно от остальных.

Были установлены пол и возраст каждого, проведены антропологическая и стоматологическая экспертизы. После долгих мытарств с одним из черепов эксперт-криминалист Сергей Никитин нашел едва сохранившиеся следы заживших повреждений. В 1891 году, еще наследником, Николай путешествовал по Японии, где на него совершил покушение фанатик, успевший нанести два удара. Сабля соскользнула, опасной травмы не получилось, но шрам остался, а залитая кровью рубашка сохранилась как семейная реликвия Романовых.

Генетическая экспертиза останков, проведенная Павлом Ивановым, показала, что пять из них принадлежат отцу, матери и трем их дочерям. Но главное, в геноме предполагаемого царя обнаружилась «особая примета». Митохондриальная ДНК (мтДНК), выделенная из этих останков, была двух типов, отличавшихся всего одной мутацией. Видимо, она случайно возникла у его матери или бабушки, после чего оба вида мтДНК передавались детям. Такая гетероплазия хорошо известна, часто она ничем не проявляет себя и остается незамеченной, пока на нее не наткнутся генетики.

Наследуется мтДНК только по материнской линии, поэтому редкую гетероплазмию (замена цитозина на тимин в положении 16169) в ДНК, полученной из останков дочерей Николая, можно было не искать. Не нашлось мутантного варианта и у живых родственников Николая со стороны матери — графини Шереметьевой (Сфири) и герцога Файфа.

Впрочем, за несколько поколений гиперплазия могла просто «рассосаться», если потомки получали от матери только один из двух видов ее мтДНК. Так что отсутствие Ц/Т16169 у современных аристократов еще ни о чем не говорило, тем более что у следствия имелись ДНК и более близкого родственника. Старший брат Николая Георгий, скоропостижно скончавшийся в 1899 году, был захоронен тогда же и до сих пор покоится в Петропавловском соборе. В 1994-м его эксгумировали для проведения экспертизы: у великого князя нашлась редчайшая «царская» гетероплазмия.

Скрыть это захоронение не получилось. Слишком много людей участвовало в операции, проходили случайные зрители, да и скопившаяся на дне ледяная вода даже не покрыла тела. Несколько гранат не помогли обрушить замерзшие стены, чтобы засыпать шахту. Вернулись следующей ночью, тела извлекли из ямы и снова попытались сжечь. Все как-то не складывалось: по словам участника событий Михаила Медведева, облитые бензином, они «дымились, смердели, шипели, но никак не горели». Погрузили, повезли искать новое место.

Одновременно с генетиками работали и другие специалисты. Пользуясь методами своего знаменитого учителя Михаила Герасимова, Сергей Никитин реконструировал лица всех девяти жертв по черепам. Теперь их можно было узнать: лейб-медик Евгений Боткин, лейб-повар Иван Харитонов, камердинер императора Алоизий Трупп, горничная императрицы Анна Демидова — и сами они, Николай, Александра, дочери Ольга, Татьяна, Анастасия.

Однако отсутствие останков Марии и, главное, Алексея питало самые неправдоподобные слухи. На этот счет можно проконсультироваться с интернетом, который битком набит заявлениями: «Романовы — грандиозная мистификация». Некоторые сомнения высказывали и коллеги-генетики, хотя на поверку их доводы оказывались по большей части необоснованными.

Поиски второго захоронения затянулись почти на два десятилетия. Только летом 2007 года Николай Неуймин и группа уральских краеведов, проводя раскопки у Старой Коптяковской дороги, на поляне в каких-то 70 м от первого места, наткнулись на большое и старое кострище, а под ним — осколки бутылей, пули и фрагментированные скелеты ребенка и девушки. Кости были очищены, пронумерованы, а дело возобновлено.

На этот раз в руках исследователей оказалось куда больше данных — и речь не только о находке второго захоронения. За прошедшее с первой экспертизы время генетические методы сделали не просто шаг, а рывок вперед. Команде Евгения Рогаева, эксперта по работе со старой поврежденной ДНК, они позволили из тех же образцов получить куда больше нужной информации — и изучить новые.

Грузовик остановился, забуксовав во влажной и глинистой низине на Коптяковской дороге, возле железнодорожного переезда. Здесь решили и закончить. Два тела еще пытались сжечь, но махнули рукой. Взяли лопаты, углубили яму до воды, сбросили в нее останки, облили серной кислотой — 11 пудов ее заказали заранее, — побросали пустые бутыли, закидали землей.

Стандартные наборы генетических маркеров для установления родственных связей позволили показать, что ДНК из женских останков в первом захоронении принадлежит матери детей из второго. Ее мтДНК — та же, что у ныне живущих родственников Александры по женской линии. Идентификацию царицы подтверждает и еще одна генетическая «особая примета» семьи последнего царя — мутация, вызывающая развитие гемофилии.

Привезли старых шпал и разложили сверху, проехали машиной несколько раз. «Шпалы немного вдавились в землю, запачкались, будто бы они и всегда тут лежали», — пересказывал Медведев. Кострище закидали. Дело казалось абсолютно надежным — по некоторым сообщениям, еще один участник расправы Петр Войков хвастался, что «мир никогда не узнает, что они сделали с царской семьей».

Напасть императрица унаследовала от бабушки Виктории, обнаруживается мутация и у других потомков британской королевы. История болезни цесаревича общеизвестна, и вряд ли кого-то удивило, что генетические маркеры гемофилии — причем совершенно определенные, в гене F8, связанные с редкой формой гемофилии типа В — найдены у останков и Алексея, и одной из его сестер, и у скелета, который предположительно принадлежал царице.

Все это позволило генетикам достоверно идентифицировать останки трех жертв старого преступления: императора Николая, императрицы Александры и цесаревича Алексея. Имена остальным вернули антропологи — ДНК не оставивших потомства сестер не позволяет сделать это. Но в своих выводах генетики были уверены. Это даже поучительно: сколько усилий было приложено к тому, чтобы скрыть все следы преступления, но свидетельства нашлись. Еще поучительнее то, что для расшифровки этих свидетельств как раз вовремя нашлись и мощные научные методы.